Kegiatan penelitian diklasifikasikan ke dalam dua program yaitu Program Pembinaan dan Program Penelitian Mandiri. Program Pembinaan diarahkan untuk menghasilkan peneliti mandiri, publikasi bertaraf nasional/internasional dan peningkatan budaya meneliti produktif. Program ini mencakup berbagai penelitian baik yang didanai internal fakultas melalui DIPA PNBP Fakultas Ekonomika dan Bisnis UNDIP, dan dana-dana lain baik yang bersumber dari pemerintah maupun swasta. Program Penelitian Mandiri lebih diarahkan untuk menciptakan inovasi dan pengembangan IPTEKS dengan dana mandiri dari masing-masing peneliti.
Penelitian yang didanai dari berbagai sumber lainnya di luar dana DIPA FEB UNDIP dan dikoordinasikan oleh Lembaga Penelitian UNDIP antara lain :
1. Program Penelitian Menuju World Class University
2. Program Penelitian DP2M DIKTI, di antaranya :
• Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi
• Penelitian Kerjasama Antar Perguruan Tinggi (PEKERTI)
• Penelitian Unggulan Strategis Nasional
• Penelitian Tim Pascasarjana
• Penelitian Fundamental
• Penelitian Hibah Bersaing
• Hibah Kompetensi
• Penelitian Disertasi Doktor
• Penelitian Dosen Pemula
• Riset Andalam Perguruan Tinggi dan Industri (RAPID)
• Penelitian Kerjasama Luar Negeri dan Publikasi Internasional
• Penelitian Kompetensi
• Penelitian Strategi Nasional
• Penelitian Prioritas Nasional MP3EI
• Program Kreativitas Penelitian Mahasiswa (PKPM)
• Program Kreativitas Mahaiswa Penulisan Ilmiah (PKMI)
3. Program Penelitian Program Fasilitasi Perguruan Tinggi Propinsi Jawa Tengah,di antaranya:
• Penelitian Dosen Muda
• Penelitian Terapan
• Penelitian Inovatif Mahasiswa
• Lomba Karya Tulis Mahasiswa
4. Program Insentif Kementerian Negara Riset dan Teknologi
5. Program Riset Unggulan Terpadu (RUT) Propinsi Jawa Tengah
6. Riset Institusi/Perusahaan Swasta